El funcionamiento de Caravana es horizontal, si bien hay un programa establecido que ha sido organizado meses atrás, en ocasiones debido a acontecimientos imprevistos hay que tomar decisiones al momento y esto se hace en asamblea.
Durante la estancia en Sevilla se informó que a unas compañeras que protestaron en un vuelo en el que estaban siendo deportadas contra su voluntad personas migrantes se les había prohibido viajar, obligándolas a bajar del avión. La asamblea decidió en ese momento responder y hacer una acción de protesta en el aeropuerto ante los mostradores de Vueling e Iberia, responsables del vuelo de deportación.
No siempre es fácil el funcionamiento de la asamblea, por la cantidad de gente, la cantidad de actos programados o la falta de lugares adecuados para reunirse. Hay un grupo de coordinación que sirve de nexo entre los distintos territorios, también hay grupos de trabajo como el de comunicación, acciones o logística pero las decisiones últimas son tomadas por la asamblea.